После уничтожения «Нормандии СР-1» неопознанным кораблём (как выясняется в процессе прохождения — кораблём коллекционеров), организация «Цербер» запускает проект «Лазарь» с целью воскрешения капитана Шепарда. Восстановление длится чуть более 2 лет, всё это время Шепард находится в коме. После неожиданного и несвоевременного пробуждения, Шепард встречается с загадочным руководителем «Цербера» Призраком.