Игра является приквелом Deus Ex. Её деяния будут развиваться в 2027 году (деяния уникальной игры развивались в 2052 году).
Главного героя зовут Адам Дженсен, и он работает в службе сохранности корпорации Sarif Industries, мирового фаворита по производству имплантов для людей. Под прикрытием толпы, выступающей против аугментации, на штаб-квартиру компании в Детройте совершается организованное нападение. Неизвестные киберусовершенствованные агенты провоцируют полицию, сдерживающую кавардаки, открыть огонь по бунтующим людям. В ходе атаки погибает много тех, кого герой должен был защищать.
Вероятная цель штурма — срыв исследования, которым в данный момент занимались ученые Sarif Industries. Сам Адам был очень покалечен. Чтобы выяснить, кто стоит за нападением, Адам проходит функцию вживления имплантов (были изменены руки и интегрированы искусственные зрачки) и начинает собственное расследование.