История вторжения на Землю инопланетных захватчиков раскрывается в трех десятках эпизодов. Вы сможете оценить события с точки зрения каждой из трех сторон: GDI, NOD и чуждых людям инопланетян. Уникальный искусственный интеллект, созданный по так называемой «адаптивной» технологии, позволяет компьютерным противникам логично и грамотно реагировать на все ваши шаги. Однако вы сами можете задать агрессивную или оборонительную линию поведения для виртуального соперника, но даже в этом случае его действия будет нелегко предугадать.