Действие игры «S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat» разворачивается после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl». После того, как проход к центру Зоны оказался открыт, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию, под кодовым названием «Фарватер». Целью операции является взятие ЧАЭС под контроль военных. Первая группа военных была направлена для воздушной разведки территории и составления детальных планов расположения аномальных полей.