Действия Red Faction: Armageddon ведутся спустя 50 лет после метежа и отбития Марса от от армии Земли. Но спокойствие на планете существовал немного, и теперь новая страшная угроза нависла над жителями Марса. Начало было взято с того, что массивный Терраформер, он удерживал на марсе атмосферу, похожую с Земной, был уничтожен. Жить на планете уже сталоневозможно из-за торнадо, штормов и других погодных катаклизмов. И обитатели направились в пещеры.