Действие игры "STALKER: Зов Припяти - Чёрный сталкер" показывает крупномасштабную боевую операцию по взятию ЧАЭС под секретным названием "Фарватер". Однако план проваливается - большинство вертолётов разведки подбито. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба Безопасности Украины направляет своего спецназовца Александра Дегтярева в центр Зоны. Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пропавшей разведки, в каждом из которых содержится часть некой важной информации.