Действие игры одновременно разворачивается в недалёком будущем и в прошлом, во время третьего Крестового похода (1191 год). В будущем времени героем является Дезмонд Майлс, обычный бармен, который был похищен корпорацией «Абстерго Индастриз», крайне заинтересованной в генах Дезмонда.