Холли — офицер полиции крошечного участка на отдаленном острове. Молодая и мягкосердечная девушка всегда верила, что по натуре человек способен совершать лишь хорошие, правильные поступки. И это не зависит от того, что полицейский ли ты или просто крестьянин. Пока не встретила Брюса.

Действие игры одновременно разворачивается в недалёком будущем и в прошлом, во время третьего Крестового похода (1191 год). В будущем времени героем является Дезмонд Майлс, обычный бармен, который был похищен корпорацией «Абстерго Индастриз», крайне заинтересованной в генах Дезмонда.

Год 1191. Из благословенной борьбы за освобождение Гроба Господня Третий Крестовый Поход превратился в личную распрю предводителей христианского и мусульманского миров. После взятия портового Акра Ричард Львиное Сердце готовится нанести Саладину окончательное поражение в обетованном Иерусалиме. Тем временем Святую Землю опустошают многочисленные наместники, которые почувствовали свою власть, лишившись административного контроля.

Год 1191. Из благословенной борьбы за освобождение Гроба Господня Третий Крестовый Поход превратился в личную распрю предводителей христианского и мусульманского миров. После взятия портового Акра Ричард Львиное Сердце готовится нанести Саладину окончательное поражение в обетованном Иерусалиме. Тем временем Святую Землю опустошают многочисленные наместники, которые почувствовали свою власть, лишившись административного контроля. Пресечь кровавый произвол может серия точечных ударов: если устранить всех, кому выгодна война, то наступит мир, а цель секты ассасинов будет исполнена. Невозможное задание, миссия для самоубийцы - Альтаир с радостью берется за опасную работу, потому что это единственный шанс вернуть утраченное положение в иерархии братства и смыть позор недавнего провала. Помимо самоотверженности, главный герой обладает выучкой профессионального убийцы: владение разными видами холодного оружия для победы в единоборствах, владение собственным телом для скрытного перемещения в городском ландшафте, владение интуицией для выбора правильной жертвы и подходящего момента.

1191 год, Ближний Восток. Рыцари крестового похода разоряют Святую Землю. Главный герой - воин из тайного общества убийц, ассасин по имени Альтаир. Его миссия - остановить войну. Он должен устранить ключевые фигуры на обеих сторонах конфликта - и среди крестоносцев, и среди сарацинов. Но чем больше врагов падает к ногам героя, тем яснее он понимает, что стал марионеткой в чужой игре. Он ввязался в конфликт такого масштаба, который угрожает не только Святой Земле, но и существованию всего мира.