История игры Prince of Persia: Warrior Within берет свое начало минуя пару лет после завершения действий предыдущей части. Вернувшись на родину, Принц находит, что за ним охотится непобедимое создание Dahaka – перевоплощение самой Судьбы, жаждущее лишь одного: неминуемой смерти того, кто его побеспокоил. Принц забыл, что во время спасения дворца султана, ему удалось прорвать единое Полотно Времени, вызвавэтим в наш мир пришествие жестокого демона…