Сюжет игры основан на многовековой войне между тамплиерами и ассассинами. Главный герой — Дезмонд Майлз, дитя ассассинов. Он с помощью машины, которая считывает память предков из ДНК, Анимуса переживает заново события далёкого прошлого. Его цель — узнать, где его предки спрятали Частицы Эдема и достать их раньше тамплиеров, пройдя через множество заданий, которые помогают понятию некоторых секретов.