Сэм Фишер решает уйти из Третьего Эшелона, вопреки угрозам со стороны начальства. Во время расследования смерти своей дочери, Сары Фишер (которая погибла в результате аварии по вине пьяного водителя во времена Двойного Агента), Сэм узнает, что смерть его дочери была не случайной и теперь он вместе с Виктором Косте, бывшим «морским котиком» и давним своим другом, будут вести охоту на Андрея Кобина, торговца оружием, который по предположениям Сэма, убил его дочь.