Специальный агент отряда «Миссия невыполнима» Итан Хант и его коллеги несправедливо обвинены в причастности к взрыву Кремля. Президент инициирует «Протокол Фантом», в результате которого спецподразделение ликвидировано, и Итан остается без какой-либо поддержки. Он намерен очистить свое доброе имя и предотвратить новую атаку, но делать это ему придется вместе с командой коллег, истинных мотивов которых он до конца не знает.

Суперагент Итан Хант решил расстаться с оперативной работой и заняться подготовкой курсантов. Он даже решил жениться на привлекательной, ни о чём не ведающей Джулии. Руководство ЦРУ просит его принять участие в последней операции: спасении его бывшей ученицы Линдси Феррис из лап торговца оружием Оуэна Дэвиана. Мог ли Итан предположить, что за этим заданием последует целая череда смертельно опасных миссий в Ватикане, Нью-Йорке и Шанхае?

Агент ЦРУ Итон Хант оказался в положении подозреваемого в предательстве «крота», из-за которого погибли несколько членов его команды, включая руководителя группы Джима Фелпса. В живых осталась еще только коллега Ханта — жена Фелпса агент Клэр. Чтобы снять с себя обвинения в предательстве, Ханту надо найти настоящего «крота». Для его приманки он решает похитить базу данных ЦРУ в Лэнгли. В помощники он берет Клэр и двух бывших агентов — Кригера и Лютера. Они добывают дискету с базой данных, и тут на Ханта выходит… Джим. Он говорит, что чудом выжил, и называет имя предателя…