Весь сюжет сериала «Пингвины из Мадагаскара» строится вокруг профессиональных, самопровозглашённых коммандос Рико, Шкипера, Ковальски и Рядового. Каждый день эти ребята выполняют сверхсекретные операции, которые проводят на территории одного из зоопарков Нью-Йорка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации… Эти безобидные с виду пингвины, на самом деле, - элитный отряд специального назначения с непревзойденными боевыми навыками и секретным штабом.